Madrid'te dünyaya gelen Butragueño, futbola Real'de başladı; kariyerinin büyük bir bölümünü de burada yaptı. Madrid ekibi ile bir çok başarıya imza atan genç Emilio, bir diğer ünlü futbolcu, Meksikalı Hugo Sanchez'le Real'in ileri ucundaki müthiş ikiliyi oluşturuyordu.

Butragueño, uluslararası karşılaşmalardaki ilk golünü İspanya'nın Ekim 1984'te İskoçya ile oynadığı maçta kaydetti. Bundan sadece 1 ay sonraki Avrupa Futbol şampiyonası'nda da İspanya, gümüş madalyanın sahibi oldu.

Golcü Butragueño, artık milli takımın vazgeçilmezleri arsındaki yerini almıştı. 1986'da Meksika'ya gidilirken İspanyollar, takımlarından başarı bekliyorlardı. Bir önceki şampiyonaya ev sahipliği yapan İspanya, o finallerde yarı finale dahi çıkamamış, 2. tur 2. grupta oynadıkları 2 maçta topladıkları 1 puanla grup sonuncusu olmuş ve yarı final şansını Batı Almanya'ya kaptırmışlardı.

Butragueño, gibi bir golcüye sahip olan ispanyollar, D Grubu'nda Brezilya'nın ardından 2. tura yükseldiler. İkinci turda Danimarka ile eşleşen İspanyol boğaları, bir anlamda 1984 yılındaki Avrupa Futbol Şampiyonası yarı final maçının da rövanşını oynayacaklardı. Danimarka'yı 5-1 yenen İspanya'nın 4 golü, Butragueño imzası taşıyordu. Butragueño, attığı bu gollerle 1966'da Eusebio'nun sahip olduğu bir maçta en fazla gol atan futbolcu ünvanına da ortak oluyordu. Çeyrek finalde 1-1 sona eren maçta, Belçika'ya penaltı atışları sonrasında 5-4 yenilerek elenen İspanyolların, Dünya Kupası şampiyonluğu hayalleri de suya düşüyordu.

Emilio, 4 yıl sonraki Dünya Kupası'nda gerçek klasını gösteremedi. Oynadığı 4 maçta sadece 1 gol kaydeden yıldız futbolcunun takımı, yine de 2. tura çıkmayı başardı. İspanya, Yugoslavya karşısında alınan 2-1'lik yenilgiyle şampiyonaya veda edereken, "Akbaba" da son kez bir dünya kupasında forma giyiyordu.

1980'lerin ikinci yarısında Real Madrid formasıyla 5 kez lig şampiyonluğu yaşayan Emilio Butragueño, 1995'te kulübü Real'e veda ederek kariyerine Meksika'da devam kararı aldı; 2 yıl sonra da aktif futbol yaşamını noktaladı.